Mathys startete seine Karriere beim SC Derendingen. Im Alter von knapp 19 Jahren wechselte er zu Concordia Basel in die Challenge League. Drei Jahre später zog er weiter zum Ligakonkurrenten FC Biel. Für die Seeländer erzielte Mathys 23 Tore in 73 Einsätzen. Damit spielte er sich Anfang 2012 in den Fokus des damaligen Challenge-League-Leaders FC St. Gallen. Bis zu diesem Zeitpunkt lief er im zentralen Mittelfeld auf, bei den Ostschweizern wurde er auf der rechten Aussenbahn eingesetzt.

Nach dem Aufstieg kam er in der Saison 2012/13 zu seinem Debüt in der Super League. Kurz darauf gelang ihm auswärts gegen Sion der erste Doppelpack. Der FC St. Gallen erreichte in dieser Saison überraschend den dritten Platz und qualifizierte sich für die Europa League. Mathys traf gegen Spartak Moskau und in der Gruppenphase gegen Kuban Krasnodar und Swansea City. Er blieb bis zum Ende der Saison 2015/16 bei St. Gallen und wechselte dann innerhalb der Super League zum FC Vaduz, mit dem er vor zwei Jahren in die Challenge League abstieg.

Er kommt auf insgesamt 142 Einsätze in der höchsten Liga und erzielte 18 Tore. In der kürzlich zu Ende gegangenen Saison absolvierte er nur 15 Partien für den FC Vaduz. Jetzt soll er beim FC Solothurn in der 1. Liga zur Stütze werden. «Es freut uns sehr, mit Marco Mathys einen ehemaligen Profi-Spieler aus der Region neu bei uns zu haben», kommentiert Solothurns Präsident Samuel Scheidegger den Transfer. (RAW)