Aufgewachsen ist Werner Scheidegger in Bellach und Selzach, nach der Schule zog er mit seiner Familie nach Grenchen. Er lernte Uhrmacher und arbeitete viele Jahre bei der A. Schild SA.

Scheidegger ist verheiratet, Vater zweier Kinder und hat vier Urgrosskinder. Dreissig Jahre lang war er aktiv im Jodlerklub Bärgbrünnli Grenchen. Er lebt gemeinsam mit seiner Gattin im Alterszentrum Weinberg in Grenchen.